2013年，世界上第一家以合成生物学为技术基础的zymergen公司成立。此后大量生物合成学领域的初创科技公司涌现，这些公司在人工智能、自动化实验平台，以及尖端基因组学的加持下，已经掌握了从浩如烟海的实验数据中进行分析的能力，能够快速地找出目标代谢通路、并对生物进行改造，极大地减少了繁杂的试错过程，释放了生物的生产潜力。
目前，这些初创公司与传统的大型企业开展了广泛的合作，为农业与食品、电子科技、化学材料、香精、保健与药物、家居与工业清洁、个人护理与废物处理等几乎囊括人们生活各方面的诸多行业提供解决方案，为客户提供以前无法合成的、有着丰富性能的多种物质。
合成生物学丰富的应用场景，使其广受资本市场看好，整个行业继2017年融资18亿美元之后，2018年融资总额增长到38亿美元，而这其中也有不少专注于农业、食品的合成生物学公司。根据cb insights报道，这些公司已经开始从以下几个方向对农业、食品行业产生影响：
作物改良：这类公司包括，致力于改善作物的根系微生物群的pivot bio，通过这些微生物群增强植物根系的固氮能力，最终减少化学肥料的使用；在玉米籽粒中植入某种饲料酶的agrivida，这种酶可以优化饲料的营养性能，并减少动物粪便中氮、磷等元素的排放。
藻类生产：这类公司通过改造藻类的代谢通路，使其能够以更高的效率生产生物燃料、医药制品，以及食品添加剂，并且可以通过藻类自身的光合作用，相对细菌降低了能源投入。
病虫害管理：这类公司包括，利用合成生物学生产天然杀虫剂的agrimetis，通过对进行蚊子或昆虫基因改造以降低其寿命的oxitec。
酒精饮料：这类公司如ava winery，其通过分析市场上葡萄酒的化学成分，直接用微生物来生产不用葡萄发酵的葡萄酒，这种葡萄酒含有所有的必需成分，并进一步降低了生产成本。
肉类和乳制品：这类公司，如impossible foods和clara foods，正在将合成生物学技术应用于合成蛋白、牛奶、酸奶，以及肉类的开发。
营养保健品：这一领域的初创公司通过开发营养食品，致力于改善食品中的营养成分。如，通过为食品工业提供相应的酶，以降低食品中饱和脂肪水平的gea enzymes公司。
调味品和添加剂：这类初创企业包括生产甜味剂的miraculex、milis bio，以及生产生物明胶的geltor。
采后保鲜：这一类公司目前只有apeel sciences，该公司正在开发一种生物涂层制品，以延长番茄、苹果等生鲜食品的货架期。
休闲食品：这类公司如aranex biotech，正在通过改造花生的代谢通路，以减少其中的过敏性物质，生产出一种低过敏性的花生。
尽管合成生物学已经开始在各个领域发挥着广泛的影响，但由于其中的生物安全、道德伦理等问题，合成生物学在社会层面其依然存在着广泛的争议。虽然小规模基因组编辑（少量核苷酸改变）的植物可能不会被视为基因改造作物，但大规模dna插入以及合成基因组的商业应用可能会受到极其严格的监管。
目前针对这些问题，合成生物学家、社会学家、监管机构、社会公众，以及其他利益相关者之间正在开展着频繁的沟通交流。至于合成生物学对未来农业会造成怎样的影响，还有待进一步的观察。

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