芽孢杆菌通过竞争性利用水体营养物质，主要是c、n、p的竞争，降低水体中p含量，抑制藻类生长；同时藻体及其分泌物作为碳源被芽孢杆菌利用，能使芽孢杆菌在竞争中处于优势种群，群体优势的建立进一步抑制藻类生长和生存空间，最终达到控制藻类数量的效果。水体n/p 比值的升高，有利于芽孢杆菌的生长；而当氮浓度一定时，c/n比值越高，芽孢杆菌生长越好。而铜绿微囊藻作为一种自养的光合植物，其生长仅与氮磷浓度有关。
随着工业快速发展以及人类活动逐渐加强，土壤重金属污染的问题也日益严重，其中土壤cd污染范围最广、污染程度最严重。由2014年的全国土壤污染状况调查公报可知，我国耕地土壤污染点位超标率为19.4%，且以无机污染物，特别是重金属污染为主。其中重金属cd点位超标率达到7.0%，是重金属污染物中点位超标率高的。
有研究表明，几乎所有微生物细胞内的蛋白质、多肽等大分子对重金属都有很强的结合能力。利用圆二色光谱分析不同浓度cd胁迫下菌体蛋白质分子二级结构的变化，结果发现高浓度cd胁迫下地衣芽孢杆菌的蛋白质空间构象发生了变化。芽孢杆菌吸附富集cd的过程可能受到基因调控，相关研究认为蜡状芽孢杆菌的抗cd基因是由质粒控制的，经过消除质粒处理的蜡状芽孢杆菌对高浓度（200mg/l）cd不具有抗性。而solovieva 等对枯草芽孢杆菌的抗cd性能研究发现，cd2+能够诱导一个位于染色体上2.2kb cada的转录，该基因在枯草芽孢杆菌上是cd2+ 抗性染色体决定子。微生物吸附重金属的机制十分复杂，不同微生物吸附机理也不单一，其具体机理还有待进一步研究。

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