医院污水的主要污染物包含病原性微生物、有毒、有害的物理化学污染物和放射性污染物三大类。医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒。
医院污水主要来自诊疗室，病房，化验室，手术室，洗衣房，行政管理部门以及食堂，宿舍等排放的污水，主要污染物为有机污染物，病原微生物及病毒。医院污水现在只经格栅除渣及消毒后处理既排放，采用二氧化氯消毒剂，余氯和细菌学指标能达标，但有机物未被去除。为了全面达标，医院增加了曝气生物滤池污水处理工艺处理污水。考虑到该医院污水处理厂占地有限以及水中含有一定量消毒剂的特点，决定采取负荷高，占地少，对进水有机物浓度范围适应性钱的曝气生物滤池工艺。
近年来，医院对污水的处理方法发生了变化。有的采用臭氧，有的采用次氯酸钠，有的采用二氧化氯，并且做到现场生产现场使用。为什么会发生这样变化？因为使用的液氯跟废物中的一些有机物发生了氯代、氯化而生成了氯酚、氯氨、氯仿等副产物，造成了环境二次污染，严重危害了水生动物的生存，损害了生态平衡，而且氯仿等还会对动物及人类产生致癌作用。
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