2016年4月，深圳海关与深圳市跨境贸易电子商务通关服务平台联合开发的跨境电商企业备案模块正式上线，电商企业海关备案时间由以往的两周，缩短到2天内即可完成。
蛇口海关与南方电子口岸协同进行系统模块研发，新功能模块上线后，所有企业在“备案模块”登记企业资料完成开1户手续后，直接将电子资料提交给海关初验，海关多部门并行对企业提供的材料进行审核，企业可通过系统随时查询备案状态，初验通过后企业再向海关递交纸质材料完成备案。
新功能上线后，企业可以自主完成资料提交、修改等作业，不用多次往返现场，2个工作日内便能完成备案。
企业登录通关服务平台查询海关初验结果，海关验证状态为验证通过，即可执相关纸质证明材料至现场海关（纸质材料按照以下要求提供，海关验核原件，收取复印件）。
1.电子商务企业。
(1)企业法人营业执照副本；
(2)组织机构代码证书副本（以统一社会信用代码注册的企业不需要提供）;
(3)电子商务交易平台使用证明、网上店铺网址及截图；
(4)深圳海关跨境贸易电子商务试点企业备案表；
(5)代理境外电子商务的，提交与境外企业代理合同。
2.仓储物流企业。
(1)企业法人营业执照副本；
(2)组织机构代码证书副本（以统一社会信用代码注册的企业不需要提供）;
(3)海关报关单位注册登记证书；
(4)仓库使用权证明；
(5)深圳海关跨境贸易电子商务试点企业备案表。
3.支付机构。
(1)企业法人营业执照副本；
(2)组织机构代码证书副本（以统一社会信用代码注册的企业不需要提供）;
(3)跨境支付资格证明；
(4)深圳海关跨境贸易电子商务试点企业备案表。
现场海关查询企业初验状态为“初验通过”，即受理企业资料，允许企业备案；初验不通过或未初验的退还资料。
企业登录通关服务平台，向海关提交企业备案电子申请，海关审核通过后，企业即可开展跨境电商业务。
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