中央层面、地方层面以及企业层面，都有相关机构具体落实国家高新技术企业的相关政策。
(1)国家高新技术企业最高管理机构
全国高新技术企业认定管理工作领导小组，该领导小组由科技部、财政部、税务总局相关人员构成，主要是审议、管理、裁决、监督等作用。总体来说，这个领导小组是管大方向的，具体操作层面的事情应该是不会做的。
(2)中央层面具有操作性质的机构
办公室，该办公室设置在科技部，直接对领导小组负责，负责中央层面的一些操作性事务，例如建立管理“高新技术企业认定管理工作网”、提供工作报告等。
(3)地方层面的管理机构
高新技术企业认定管理机构，该机构是省级的，由科技、财政、税务相关部门构成，负责审核各自辖区的高新技术企业相关工作。
(4)企业层面的相关机构
财务部门，企业层面的申请机构一般由财务部门进行具体操作与实施。
值得注意的是，以上三(四)个层级的相关机构在2008年和2016年的高新技术企业认定管理办法中叙述维持不变。因此，国家高新技术企业的申请、管理工作，主要涉及科技、财政、税务三个政府部门，外加企业财务部。

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