有机芹菜在整个的生产过程中都必须按照有机农业的生产方式进行，也就是在整个生产过程中必须严格遵循有机食品的生产技术标准，即生产过程中完全不使用农药、化肥、生长调节剂等化学物质，不使用转基因工程技术，同时还必须经过独立的有机食品认证机构全过程的质量控制和审查。所以有机芹菜的生产必须按照有机食品的生产环境质量要求和生产技术规范来生产，以保证它的无污染、富营养和高质量的特点。
选择富含有机质、保水、保肥力强、排灌条件较好的土壤。品种选择选用高产、优质、耐贮运的抗病品种。本合作社所用种子为自己选育的当地芹菜品种，部分西芹。播期播量根据茬口和上市季节要求安排播期。在本地，一般秋芹6~7月份播种，越冬芹菜8月播种，播种量每667米20.5~0.8千克，西芹0.3~0.5千克消毒处理温汤浸种：把种子放入55℃热水中，保持水温均匀浸泡15分钟。浸种催芽将消毒处理过的种子用凉水浸泡12~24小时，使种子充分吸水，然后将种子揉搓洗数遍至水清为止，随后放在15℃~18℃冷凉环境下保湿催芽。
如将处理好的种子装在湿棉布袋内用绳子系好，吊在水井内离水面10~20厘米的位置或将浸过的种子放在冰箱冷藏室内，每天淘洗1~2遍，约80%以上的种子露白时即可播种。苗床准备可选用肥沃的园田土6份，加腐熟羊圈粪3份，细沙1份，分别过筛后混匀作为营养土进行撒施。然后在施足有机肥的基础上精细整地，深翻耙平，做成宽1~1.5米、高10~15厘米的畦面。
播种采用湿播法，播前先浇足苗床水，水渗下后用营养土薄撒一层，使床面平整，普撒2/3药土，然后将催芽的种子掺少量细沙或过筛炉灰均匀撒播。播种后覆盖细潮土(0.5~0.8厘米厚)，之后立即覆盖遮阳网或草苫，待70%幼苗顶土时撤除床面覆盖物。苗期管理出苗后，如果地干，可早晚浇小水，保持床面潮湿。在1~2叶期，可进行间苗，苗距1~1.5厘米；3~4叶期进行分苗，苗距6~8厘米，以利培育壮苗；当苗高5~6厘米时，浇水1次。在整个育苗期都要及时人工除治杂草，经常中耕松土，以促进根系发育。
施肥肥料使用应符合有机食品生产的规定。基肥要施足，每667米2施腐熟有机肥5000~5500千克。为了预防叶柄劈裂，每667米2还应加施硼肥(硼砂)0.5千克。平整地做畦在肥料均匀普撒后，耕翻菜地20~25厘米深后耙平，做成平畦或高畦，畦宽1~1.2米即可。定植适期在幼苗5~6片真叶，苗高15~20厘米时，及时进行定植。定植方法、密度在畦内穴栽，行距16厘米，穴距16~20厘米，西芹行距50厘米，穴距40厘米，每穴栽苗1株，叶柄超过10厘米的剪掉，定植时主根太长时，可在距根基部4厘米处剪断，促发侧根。
栽的深度以土能埋上根茎为准，边栽边封沟平畦，随后浇水，并覆盖小拱棚保温保湿。栽植密度控制在每667米275009000株，西芹密度在3300~3400株。肥水管理定植后立即浇水，2~3天再浇1次，保持土壤湿润，缓苗后要及时摘除发黄、枯萎的外叶、老叶，贴在地面上的外叶要通过中耕将其扶起，同时适当控水蹲苗7~10天，然后随水追肥，每667米2追施氮肥4~6千克、钾肥2~3千克。以后保持土壤湿润，4~7天浇一次水；定植后1个月左右，芹菜进入生长旺盛期，要肥水齐攻，每667米2追施氮肥5~7.5千克、钾肥4~5千克。
半个月后每667米2再追施氮肥4~5千克。本合作社所用肥料为通过国家标准生产有机食品的肥料，如貂粪豆粕有机肥、惠满丰有机肥料、部分沼液等。温度管理11月中下旬视天气冷暖情况，在强寒流到来之前覆膜，棚膜宜选用无滴膜或防雾膜，覆膜后浇水宜选择在晴天，且浇水不可过多，保持土壤湿润即可，每次浇水后要及时放风排湿；在午间温度高时要及时通风换气，温度过低时，加盖草苫和防雨膜。
主要病虫害芹菜主要病虫害有斑枯病、叶斑病、猝倒病蚜虫等.防治原则坚持“预防为主，综合防治”的原则，以农业防治、物理防治、生物防治为主.农业防治选用抗病品种，培育适龄壮苗，调控好棚室内温湿度及水、肥、光照等条件，促进植株健壮生长，提高抗病抗虫能力，加强轮作，并推广使用防虫网、杀虫灯、黏虫板、性诱剂等防治害虫。挂银灰色地膜条避蚜虫，温室通风口处用尼龙网纱防虫。
黄板诱杀白粉虱、蚜虫，用60~40厘米长方形纸板，涂上黄色油漆，再涂一层机油，挂在高出植株顶部的行间，每667米230~40块，当黄板粘满白粉虱、蚜虫时，再涂1次机油。药剂防治大力推广应用植物源性农药和生物农药，不使用化学农药。芹菜以收获芹菜芽为主，从12月上旬开始收获，收获时保持芹菜干净整洁，别除老叶、烂叶，割掉根部级分割，分割好后同一级别的按标准进行包装入箱销售。