几种核酸染料的比较 1、eb（溴化乙锭） 
溴化乙锭是一种高度灵敏的嵌入性荧光染色剂，为强致癌诱变剂，但价格便宜。它与dna的结合几乎没有碱基序列特异性。在高离子强度的饱和溶液中，大约每2.5个碱基插入一个溴化乙锭分子。eb的这种特性使其成为一种核酸染料，常用于琼脂糖凝胶电泳中的核酸染色。溴化乙锭在紫外区302nm和366nm处有吸收峰，在紫外光的照射下，溴化乙锭可被激发出橙红色的荧光（590nm）。结合有dna的溴化乙锭复合物的荧光强度要比没有结合dna的染料高出20-30倍，因此溴化乙锭可检测到少至10ng的dna条带，非常灵敏。
2、gel green和gel red 
由biotium公司研发推出的eb替代染料，染色效果和eb差不多，在紫外下不容易淬灭，可以用于胶回收。但价格较贵。
gelred 和 gelgreen 是两种集高灵敏、低毒性和超稳定性于一身的荧光核酸凝胶染色试剂。其水溶染色剂通过美国环保局安全认定，废弃物可直接倒入下水道，而不会造成任何环境污染。其特点有：
1）高灵敏度：gelred 和 gelgreen 是目前市场中最灵敏的凝胶核酸染料之一；
2）稳定性极好：可以使用微波炉加热，可以在室温下保存；
3）更安全：艾姆斯氏试验结果表明，该染料的诱变性远小于溴化乙锭（eb）；
4）广泛的适应性：适用于预制凝胶和凝胶电泳后染色；
5）染色过程简单：与eb一样，在预制胶和电泳过程中不必担心染料降解；而电泳后染色过程也只需30分钟且无需脱色或冲洗；
6）对 dna 和 rna 的迁移影响小：对核酸迁移的影响小于 sybr green i?；
7）与标准凝胶成像系统以及可见光激发的凝胶观察装置完美兼容：使用 312nm 激发的 uv 凝胶成像系统时，gelred 可以完美的替代eb；使用 254nm 激发的 uv 凝胶成像系统或可见光激发的凝胶观察装置时，gelgreen 足以替代任意一种 syb染料。但该染料会使小片段dna迁移慢一些（与eb相比).
3、绿色荧光核酸染料 
绿色荧光核酸染料对于大片段dna的染色效果良好，但是在对于500bp以下的片段效果不是很好，还有一个很致命的弱点是它的荧光基团在紫外灯下非常容易淬灭，一般5-10min条带就会消失。另外绿色荧光核酸染料不适用于胶回收。
4、sybr green 和sybr gold 
稳定性差，也有毒性。它属于花箐素类核酸染料，花箐类染料不是无毒的，而只是低毒的，电泳级别的是经过修饰的，修饰有三种：1.加入卤素或氰基。2.插入环羟基。3.加入稳定剂。sybr green i是高灵敏的dna荧光染料，适用于各种电泳分析，操作简单：无须脱色或冲洗。至少可检出20pg dna，高于eb染色法25-100倍。sybr green i 与dsdna 结合荧光信号会增强800-1000倍，用sybr green i染色的凝胶样品荧光信号强，背景信号低。sybr green和sybr gold相对于eb的稳定性要差很多。sybr系列的染料也能进入细胞染色线粒体以及核内的dna，从而产生危害。sybr green i已被证实在紫外光下将会产生强诱变能力，使dna或其他物质发生突变。
几种核酸染料的比较 
染料  安全性    稳定性   灵敏   优点       缺点
eb   -    +              ++ 廉 价 强诱变剂
gel green   +  + ++    安全       价格高
绿色荧光核酸染料  -     -                +   大片段染色良好   易淬灭
sybr  green   -     -    ++    灵敏  稳定性差
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