虽然由于原料短缺及价格高涨等原因，目前我国生物柴油的产能利用率较低，有些企业处于部分停产甚至完全停产状态，但随着国家产业扶持政策的出台，“十一五”期间生物燃料“先热后冷”的局面将不再出现，环保生物燃油，生物柴油行业必将得到长远的发展。大规模使用也有可能带来使农业及生态遭受重大影响的风险。能源作物种植渗入自然景观这一后果显然将导致栖息地破坏和割裂，从而直接造成生物多样性的丧失。
担忧在于“与粮争地”，铃木警告说，大规模改种生物燃料植物已经造成美国和墨西哥玉米价格上涨，莆田生物燃油，并可能导致发展中国家粮食短缺。2007年美国25%的玉米收成变成了乙醇燃料，生物燃油灶，但另一方面，粮农组织2007年底的一份报告说，受大量粮食被转变为生物燃料等因素的影响，世界正在经历“前所的未有”的粮食危机。有联合国官员认为，使用粮食生产燃料是一项罪行。
20世纪70年代以来，受传统能源价格、环保和全球气候变化的影响，世界各国日益重视生物燃料的发展。尤其是巴西、美国、欧盟等积极发展生物燃料技术，生物质燃油，目前，美国和巴西分别是世界一、第二生物燃料生产国。我国20世纪末为消化陈化粮和为丰产的玉米寻找新出路开始推广燃料乙醇。目前为促进生物燃料行业的健康发展，我国研发的重点主要集中在以木薯、甜高粱等淀粉质或糖质非粮作物以及木质纤维素为原料的生物液体燃料技术。
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