水质净化的方法按照作用原理可分为物理法、化学法和生物法三种类型。物理法可以去除水中的悬浮物，具体可以分为筛滤、沉淀或上浮、离心分离等方式。化学法具体可分为中和法、混凝、氧化还原、吸附、离子交换、电渗析或反渗透、气提、萃取、电解等方式。生物法是利用微生物的代谢，将呈溶解状态的胶体有机污染物转化为稳定无害的物质。玻璃轻石作为生物滤料应用于净化水质涵盖了以上三种原理。
玻璃轻石做滤料的优势体现在：使用玻璃轻石作为滤料能够在传统水质净化的基础上通过物理作用、化学作用及生物作用，增强污染物的过滤作用及絮凝效果，加上其巨大的表面积能够为微生物提供附着场所，强化降解污染的效果。
物理净化
玻璃轻石是多孔、颗粒状的材料，泡孔中有部分是连通孔，再加上颗粒与颗粒之间的缝隙，组成了一个立体的网状系统，水可以自由通过连通孔隙和缝隙，而较大颗粒的污染物会在水流不断运动过程中被孔隙吸附住，从而起到了良好的过滤和吸附污染物的作用。除此以外，玻璃轻石具有很多细密的肉眼不可见的微小孔隙，能够将水中过量的磷吸附并固定下来，减少水体中的残留量，达到净化农业污水的效果。
五种不同颗粒度的玻璃轻石应用在过滤段，相当于一个立体的筛滤网，水体中颗粒状的污染物会被玻璃轻石过滤并吸附住，大大减少水体中污染物的量。对磷的吸附固定作用，是解决水体富营养化的重要举措。
化学净化
玻璃轻石的组成成分为氧化硅、氧化钙、氧化镁及少量氧化钠等物质，这些物质与水反应后生成氢氧根离子，调节水体的酸碱性，使有机物质絮凝沉淀而去除。
污水通过玻璃轻石滤料时会在一定程度上提高水体的ph值，较多的有机污染物会因此出现絮凝现象，后慢慢沉淀后被降解去除。
生物净化
玻璃轻石表面布满大小各不相同的孔隙，因此具有巨大的比表面积，这就为微生物的附着生长提供场所，微生物生长繁殖过程中需要消耗较多的有机物和n、p等元素，从而降解水中的有机污染物，降低水体中n、p含量。