根据沉船的大小以及其事件发生的具体地点，可分别采用6种不同方法来处理，然各种方法可单独采用，也可几种方法联合采用称为综合打捞法，视具体事件而定。下面针对这6种方法详细解析：①封舱抽水打捞法。应先沉船破口封堵后，然后将船内的水抽出，使船浮起，因封补严密困难，风浪大时难作业，故较少采用。②浮筒打捞法。用若干浮筒在水下充气后，借浮力将沉船浮出水面，此法浮力大而可靠，施工方便、安全。③船舶抬撬打捞法。用钢缆兜于沉船船底，用打捞船上的起重设备将沉船提起，打捞时一般要用两艘或多艘打捞船共同作业。④泡沫塑料打捞法。将比重轻的闭孔泡沫塑料输入沉船舱内，排去海水，借泡沫浮力抬起船舶，此法免去在沉船底穿引钢缆的不便，且减少或免去封舱工作，也适应海上风浪下作业。⑤围堰打捞法。当船沉于水深较小的水域时，可筑堰于沉船的周围，抽出堰内的水，将沉船封补或修复，再灌水将船浮起后拆除围堰。⑥充气排水打捞法。是向沉船舱内打入压缩空气而排出水体，使沉船浮起。总之在沉船打捞过程中危险系数非常高，所以要求项目经理必须具备随机应变的能力以及技术层面的要求，不可以死板硬套。很多时候是通过综合打捞法来对沉船打捞。
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处理沉放管段基础的目的是使沟槽底面平整，而不是为了提高地基的承载力。在水下开挖的沟槽，其底面凹凸不平，如不加以整平，管段沉放后会因地基受力不均匀而导致局部破坏，或因不均匀沉陷而开裂。为了提高沟槽底面的平整性，绝大多数建成的水底隧道采用垫平的方法。早期大多采用一种在管段沉放之前先铺砂石作为垫层的先铺法。它是在作业船上通过卷扬机和钢索操纵特制的刮铺机或钢犁，沿着沟槽底面两侧设置的、具有规定标高和坡度的导轨，将放下的垫料往复刮平。该法缺点较多。另一种垫平的方法为后填法。即先将管段沉放在沟槽底上的临时支座上，并使管底形成一定的空间（管段底板内预设液压千斤顶，在定位时可以顶向支座，调节管段高程），随后用垫层材料充填密实。后填法中最早用的是灌砂法，仅适用于底宽不大的船台型管段。
深中通道沉管隧道的制造工艺十分复杂，标准管节隔仓数多达2 500个，纵横隔板、连接件交错，工艺孔达15 000个，国内没有成熟施工经验，混凝土浇筑量达到28 000m3，浇筑体量大、难度高。高强度厚钢板最厚达40mm，厚板焊接难度大。同时，标准管节46m×165m范围钢壳平面度要求≤15mm，其制造精度远高于造船行业及钢箱梁制造的精度要求，钢壳制造工效更要达到1节/月的产能要求，工效要求高。