项目简介:
rna 甲基化指发生在rna 分子上不同位置的甲基化修饰现象,常见的rna转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(n6-methyladenosine,m6a) 和5-甲基胞嘧啶(c5-methylcytidine,m5c)等。
最新研究发现,m6a修饰在调控基因表达、剪接、rna 编辑、rna 稳定性、控制mrna寿命和降解、介导环状rna翻译等方面扮演重要角色。因此merip-seq助力解决细胞分化,生物发育、疾病发生发展,热休克反应等生物学问题。
利用甲基化rna免疫共沉淀结合高通量测序 (methylated rna immunoprecipitation sequening,merip-seq)技术,可以对rna转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。
项目流程:
甲基化rna免疫共沉淀 (methylated rna immunoprecipitation,merip)基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理,以rna免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础,然后通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的rna区域,高效获得结果。
客户提供:
1、活细胞:培养细胞至60-80%密度,然后加满培养基寄给公司;
2、物种信息(仅限人、大小鼠物种,其他物种需评估)
基本分析内容:
1、 原始数据处理及统计
2、过滤后数据质量qc 图
3、测序序列与参考基因组比对
4、基因组覆盖度分布
5、peak calling 分析
6、peak 可视化
7、peak 统计分析
8、m6a 的基本特征
8.1 peak 在基因元件的分布
8.2 reads 在基因元件的分布
8.3 peak 关联基因的特征
9、差异peak 分析
10、 motif分析
高级分析内容:
环状rna关联分析
参考文献:
1.wang x, et al.n6-methyladenosine-dependent regulation of messenger rna stability.nature. 2014;505(7481):117-20.
2.liu n, et al.n(6)-methyladenosine-dependent rna structural switches regulate rna-protein interactions.nature. 2015;518(7540):560-4.
3.yang y, fan x, mao m, et al. extensive translation of circular rnas driven by n6-methyladenosine[j]. cell research, 2017.
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